Over het algemeen worden probiotica omschreven als heilzame micro-organismen die, na inname, in staat zijn het maag-darmkanaal te koloniseren en aldaar een bijdrage leveren aan de instandhouding van het, van nature in ons lichaam aanwezige, ecosysteem door direct of indirect het natuurlijke afweersysteem in het maag-darmkanaal te ondersteunen.

Internationale richtlijnen bepalen dat aan bovenstaande definitie nog een aantal vereisten worden toegevoegd: met name het vermogen om de maag- en galsappen te overleven, het vermogen om ziekmakende bacteriën te remmen, stimulatie van het immuunsysteem, de eigenschap om te koloniseren en zich te handhaven in het maag-darmkanaal en de eigenschap om zich te hechten aan het slijmvlies.

Probiotica kunnen worden ingezet om de balans van de darmflora te herstellen wanneer die verstoord is door het gebruik van antibiotica of door andere oorzaken van dysbiose, bij diarree ten gevolge van antibioticagebruik, als ondersteuning bij atopische dermatitis, bij vaginose en bij chronische darmontstekingen.