L’utilisation de VSL#3® n’a pas de contrindications et aucun effet secondaire n’a été rapporté après l'ingestion de VSL#3®. Un léger ballonnement intestinal peut se produire durant les premiers jours de prise du VSL#3®. C'est habituellement un phénomène transitoire dû à l'adaptation de la flore microbienne intestinale.