In einer allgemeinen Definition werden Probiotika beschrieben als wohltuende Mikroorganismen, die nach orale Einnahme imstande sind, den Darm zur Unterstützung der Instandhaltung eines physiologischen Ökosystems zu besiedeln und direkt oder indirekt zur Verstärkung der natürlichen Abwehr des Darmes beizutragen.

Internationale Leitlinien gehen davon aus, dass diese Definition ergänzt wird durch andere Eigenschaften, insbesondere einer verstärkten Wiederstandsfähigkeit gegen Magen und Gallensäure, Hemmung pathogener Bakterien, Stimulation des Immunsystems und anhaltender Besiedlung und Haftung an der Mukosa.

Probiotika können zum Erhalt des mikrobiellen Gleichgewichts im Darm verwendet werden bei Schäden durch Antibiotika oder anderen Ursachen von Dysbiose, bei Antibiotika-assoziiertem Durchfall, als Ergänzung bei atopischer Dermatitis, bei Vaginose und bei chronisch entzündlichen Darmerkrankungen.